蓝藻的繁衍方式有两类，一为养分繁衍，包括细胞直接割裂（即裂殖）、集体破裂和丝状体发生藻殖段等几种方法，另一种为某些蓝藻可发生内生孢子或外生孢子等，以进行无性生殖。孢子无鞭毛。现在尚未发现蓝藻有真正的有性生殖。

　　价值蓝藻是最早的光合放氧生物，对地球表面从无氧的大气环境变为有氧环境起了巨大的作用。有不少蓝藻（如鱼腥藻）能够直接固定大气中的氮，以进步土壤肥力，使作物增产。还有的蓝藻为人们的食物，如着名的发菜和普通念珠藻（地木耳）、螺旋藻等。

　　危害在一些养分丰厚的水体中，有些蓝藻常于夏日大量繁衍，并在水面形成一层蓝绿色而有腥臭味的浮沫，称为"水华",大规模的蓝藻迸发，被称为"绿潮"（和海洋发生的赤潮对应）。绿潮引起水质恶化，严峻时耗尽水中氧气而造成鱼类的死亡。

　　更为严峻的是，蓝藻中有些品种（如微囊藻）还会发生毒素（简称MC），大约50%的绿潮中含有大量MC.MC除了直接对鱼类、人畜发生毒害之外，也是肝癌的重要诱因。MC耐热，不易被沸水分解，但可被活性碳吸收，所以能够用活性碳净水器对被污染水源进行净化。