蓝藻的繁衍方式有两类,一为养分繁衍,包括细胞直接割裂(即裂殖)、集体破裂和丝状体发生藻殖段等几种方法,另一种为某些蓝藻可发生内生孢子或外生孢子等,以进行无性生殖。孢子无鞭毛。现在尚未发现蓝藻有真正的有性生殖。
价值蓝藻是最早的光合放氧生物,对地球表面从无氧的大气环境变为有氧环境起了巨大的作用。有不少蓝藻(如鱼腥藻)能够直接固定大气中的氮,以进步土壤肥力,使作物增产。还有的蓝藻为人们的食物,如着名的发菜和普通念珠藻(地木耳)、螺旋藻等。
危害在一些养分丰厚的水体中,有些蓝藻常于夏日大量繁衍,并在水面形成一层蓝绿色而有腥臭味的浮沫,称为"水华",大规模的蓝藻迸发,被称为"绿潮"(和海洋发生的赤潮对应)。绿潮引起水质恶化,严峻时耗尽水中氧气而造成鱼类的死亡。
更为严峻的是,蓝藻中有些品种(如微囊藻)还会发生毒素(简称MC),大约50%的绿潮中含有大量MC.MC除了直接对鱼类、人畜发生毒害之外,也是肝癌的重要诱因。MC耐热,不易被沸水分解,但可被活性碳吸收,所以能够用活性碳净水器对被污染水源进行净化。