藻毒素对人类健康具有很大危害性，比如MC-LR对小鼠的半致死剂量（LD50）约为50~100 ?g/kg.人们在洗澡、游泳及其他水上休闲和运动时，皮肤接触含藻毒素水体可引起敏感部位（如眼睛）和皮肤过敏；少量喝入可引起急性肠胃炎。

　　长期饮用则经过干扰脂肪代谢（增加脂肪堆积），引起非酒精性脂肪肝，进一步诱发肝癌。动物实验结果显现，MC对胆囊的影响很大，主要是使胆囊变硬、萎缩、颜色变成暗红和深绿色。

　　流行病学研究发现饮水中微量微囊藻毒素与人群中原发性肝癌的发病率有很大相关性，缓慢MC染毒引起了巢湖渔民实质性的肝损害。1996年，在巴西造成100多名急性肝功能障碍，7个月内至少50人死于藻毒素产生的急性效应，引起举世瞩目的重视。淡水水体中的蓝藻毒素已成为全球性的环境问题，世界各地经常产生蓝藻毒素中毒事情。