蓝藻管理多数蓝藻不易被鱼类利用，因此蓝藻多的水体鱼体成长缓慢，蓝藻易浮于水面，按捺了水层中其他藻类的繁殖，因此表层以下水常常是清的，水体的净水功能较弱。蓝藻成长繁殖进程中会施放出必定的有害含氮化合物，有臭水的感觉，蓝藻死亡后会释放出有毒物质，比活藻损害更大。

　　蓝藻的防治：清塘时因老的池塘留有大量蓝藻的"种子" 沉在底泥中，因此清塘要彻底。清塘消毒好用强氧化剂如 生石灰、二氧化氯、漂白粉等进行消毒，待毒性消失后还可用优质高效的微生态制剂进行生物净化。

　　把清塘消毒杀死的 蓝藻通过微生物高效菌剂及时分化，以免留下危险。基肥慎用化学肥料，尤其少用磷肥，而用多氮少磷型的农家肥或生 物有机肥。在引入新水时，不用含蓝藻丰富的水，饲养水位 也不宜过深。

　　池塘运用增氧机增氧，以培育硅藻，减少蓝藻 的繁殖，定时运用优质高效的复合微生物制剂改进水质和底 质，防止水体的富营养化，从而按捺蓝藻的大量繁殖。但在 蓝藻已经大量发生的时候，可先全池遍洒生石灰后，再采取上述的办法。