藻毒素的应对藻毒素是细胞内毒素，是在细胞内合成，细胞破裂后释放出来才表现出毒性。也就是说：只要藻细胞逝世并溶解后，藻毒素才会释放到周围环境中。因而，水产养殖里的处理有害藻的过程中，养殖水体不能够彻底采纳饮用水源的处理办法来处理。

　　一般在饮用水水源对有害藻的处理是采纳絮凝、吸附、氧化和光催化氧化等等办法。这些在养殖水体里可能吸附法有相应的价值外，其他办法可能实用性不那么强。藻毒素的应对措施是蓝藻等等有害藻泛滥时，慎用杀藻和消毒的办法在水体里杀灭有害藻。

　　避免养殖水体的有害藻毒素浓度遽然升高。尽可能调整水体的理化条件，让球藻等等无害的藻渐渐占优势，同时在这个藻转变过程中让浓度不高的藻毒素靠水体的自净能力通过氧化和光催化氧化消除。目前用有机酸、大苏打、络合剂等等可能不能够比较确切损坏水体里很多的藻毒素（接藻毒）。

　　是损坏毒素的分子结构，比如污染了过量的福尔马林的水体，我们能够有双氧水损坏福尔马林的结构而达到解毒的目的。可是藻毒素因为结构相对安稳，这一步很难实现。