水体中蓝藻水华一般是多个因子归纳影响的成果，其产生机制和进程科学界尚未弄清楚，因而现在还无法做到精确预测蓝藻水华产生的时间和地址。但水华作为蓝藻种群数量超常规积累的现象，其发展产生也有一定规则可循。

　　水华的产生是内因和外因共同作用的成果。水华产生的外因是影响蓝藻种群数量的物理、化学和生物因子，内因则是蓝藻的生物学特性。蓝藻水华产生的内因是其在长时间进化进程中构成的生理生态特征。蓝藻是原核生物。

　　地球上陈旧的光合放氧生物，构成于35亿年前，也是大气臭氧层构成的首要贡献者，对环境有很强的适应性。蓝藻特别的生理生态特征，适合在高温环境和强光环境下生长，代谢水平极低；首要捕光天线为藻胆蛋白，能更有用的使用光能。

　　构成水华的蓝藻多数具有伪空泡，这有助于其在水体中的垂直移动，特别是分层水体。这种伪空泡是有许多内空的蛋白膜小体构成，构成了气体载体然后具有悬浮能力，通过光合作用调理蛋白膜小体中的蛋白含量，然后调理其悬浮能力。