富营养化会影响水体的水质，会构成水的透明度降低，使得阳光难以穿透水层，从而影响水中植物的光合作用，或许构成溶解氧的过饱和状况。溶解氧的过饱和以及水中溶解氧少，都对水生动物有害，构成鱼类很多逝世。

　　同时，因为水体富营养化，水体表面生长着以蓝藻、绿藻为优势种的很多水藻，构成一层"绿色浮渣",致使底层堆积的有机物质在厌氧条件分解发生的有害气体和一些浮游生物发生的生物毒素也会损伤鱼类。

　　因富营养化水中含有硝酸盐和亚硝酸盐，人畜长时间饮用这些物质含量超越一定规范的水，也会中毒致病。在构成"绿色浮渣"后，水下的藻类会因得不到阳光照耀而呼吸水内氧气，不能进行光合作用。

　　水内氧气会逐步减少，水内生物也会因氧气不足而逝世。死去的藻类和生物又会在水内进行氧化作用，这时水体也会变得很臭，水资源也会被污染的不可再用。