蓝藻监测不同的水库，因为营养水平不同，发生蓝藻水华的概率不同，水质监测的频度和强度有所不同。依据监测目的，对水库蓝藻的监测方案首要分为以下三品种型：一般水库惯例监测、蓝藻水华易发水库的监测和蓝藻水华发生后的监测。

　　一般水库惯例监测：针对水质相对比较好的饮用水源地水库，在惯例水质监测的一起，每月对蓝藻的品种与细胞数量进行监测一次，经过数据的积累与分析，为今后的蓝藻灾祸防备作好准备；富营养化水库中蓝藻水华的监测：在蓝藻水华易发阶段对易发区域进行要点监测，尽或许做到每周对进行蓝藻监测一到两次。

　　蓝藻水华发生后，为了保证供水安全，每天都要对蓝藻细胞进行计数，只有当细胞数量少于一定量（500 cells/ml）才或许以为安全的。与此一起，依据蓝藻水华发生情况，发动蓝藻毒素监测，使用蓝藻细胞数与蓝藻毒素的情况，进行风险评价。

　　应急措施蓝藻水华发生后，特别是饮用水源地发生了蓝藻水华，管理人员的燃眉之急是在短的时间内操控蓝藻水华的规模，尽或许下降蓝藻水华对供水的影响。这时可采用的办法可分为物理办法和化学办法。物理的办法包括水。